生物体是一个复杂的系统，每个细胞具有独特的结构和功能，并通过相互协调形成特定的微环境，以支持器官功能和信息处理。随着研究的深入，对细胞类型及其异质性的辨别需求日益增长，催生了单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术。然而，由于细胞在解离过程中的位置信息损失，这也导致基因表达谱的变化。因此，空间转录组测序（spatial transcriptomics, ST）技术应运而生，它能在获取基因表达数据的同时，尽可能保留样本的空间位置信息。

2020年，空间转录组学技术被《Nature Methods》评选为年度技术方法，2022年则被《Nature》评为年度最值得关注的七大技术之一。至此，空间转录组技术已成为科研界的“宠儿”，可能会引领新的研究方向。截至目前，这项技术已被广泛应用于阐明组织细胞组成、细胞间相互作用以及组织成分间的分子相互作用等重要科学问题，涉及神经学、胚胎发育、炎症性疾病及肿瘤微环境等多个研究领域。

近期，中山大学肿瘤防治中心的贝锦新课题组将单细胞和空间转录组技术相结合，研究三级淋巴结构与肿瘤细胞聚集体之间的作用机制。在该研究中，研究人员对77个活检样本和血液样本中的343,829个细胞进行了单细胞转录组分析，并对来自15个肿瘤的31,316个空间分辨转录组进行研究，揭示了与鼻咽癌进展及免疫治疗反应相关的三级淋巴结构，同时发现了该结构中的关键细胞群体及其与肿瘤细胞的相互作用。

在实验过程中，研究人员使用Stereo-seq平台对新鲜冷冻（FF）鼻咽癌样本进行分析，以检测肿瘤内的微小结构；同时利用Visium Spatial平台处理固定石蜡包埋（FFPE）样本，回顾性评估鼻咽癌患者的免疫治疗效果。这两种技术的结合，针对不同的样本来源，能够在基因表达谱分析与复杂组织结构的研究中取得更好的成果。这也表明，为保证后续测序实验的准确性，研究人员对RNA样品的质量要求非常高。

在Stereo-seq检测过程中，研究团队在活检后30分钟内开始制备OCT切片，并使用RNeasy Mini Kit进行总RNA提取，确保每个OCT包埋组织样本的完整性，以构建空间转录组RNA文库。类似地，在Visium Spatial平台的研究中，RNeasy FFPE Kit被用于FFPE样本的高效RNA提取，选择符合条件的样本进行进一步分析。确保RNA完整性和纯度对获取可靠的实验结果至关重要。

此外，在肿瘤微环境研究中，研究人员还引入了一种名为形态学增强的空间转录组分析整合器（METI）的算法，通过整合空间基因表达与组织特征，深入分析肿瘤生态系统。这一算法分四个模块进行分析，利用多个模块的信息生成细胞类型的图像分割、基因表达图及细胞密度的3D空间可视化。

除了以上研究，NanoString nCounter系统也为肿瘤微环境的空间转录组研究提供了一种新途径。该系统基于杂交原理，通过核酸分子与探针的杂交进行靶RNA序列的绝对定量。这一技术能够直接在FFPE样本、细胞裂解液甚至全血中进行，不需经过RNA的提取，降低了可能由于提取、扩增或文库构建过程带来的偏差。

在一项来自丹麦Lasse S课题组的研究中，重点关注了一种称为circRNA-ciRS-7的环状RNA，发现它能够通过靶分子miR-7下调多种癌基因的表达。该研究通过原位杂交实验确认ciRS-7在肿瘤细胞中并不表达，而是在基质细胞中高表达。研究者通过检测20个miR-7的靶基因，得以确认其中五个基因与ciRS-7呈现正相关或负相关关系。

综上所述，空间转录组技术在确认细胞类型及其相互作用方面表现出了极大潜力，而针对FFPE样本的RNA提取技术，如RNeasy FFPE Kit和miRNeasy FFPE Kit的优化，也为保证样本的RNA质量提供了保障。为了进一步探索FFPE样本的解决方案，可以参考【ag尊龙凯时】的FFPE研究方案手册，从而有效推动肿瘤微环境及神经科学等领域的深入研究。